מועצת זכרון יעקב מקדמת את נושא החינוך הסביבתי, במושבה הוסמכו חמישה גני ילדים ירוקים" ושני גנים "ירוקים מתמידים" לפי הקריטריונים של המשרד להגנת הסביבה הבוחן את רמת החינוך הסביבתי בגן. גני הילדים הירוקים בזכרון יעקב הם גן שיטה, גן ענבר, גן חרצית, גן ראשונים וגן יובל.
בשנת תשע"ג יתווספו עוד חמישה גני ילדים ויקבלו את הסמכת "גן ירוק".
מעבר לכך, כל הגננות בזכרון יעקב עברו בשנה החולפת השתלמות מטעם "הרשת הירוקה" שנגעה בתכנים סביבתיים ובפיתוח הנושא בתוך הגן במטרה לקדם נושאים אלו במערכת החינוך לגיל הרך. בשנת 2013 ביקרו ילדי הגנים בגן אקולוגי הנמצא בחווה החקלאית "ערוגות רבקה", המקום מקדם את ערכי איכות הסביבה באמצעות מגוון רחב של כלים ופעילויות חינוכיות העוסקות במדעי הסביבה והחקלאות.
גן יובל בזכרון יעקב השתתף בפרויקט "חבק עץ" מטעמו של משרד החינוך, במסגרתו אימץ הגן עז חרוב עתיק. בסגרת התהליך טיפחו הילדים את העץ וסביבתו ולמדו על היסטוריית העץ והמקום תוך הטמעת ערכים סביבתיים כגון אהבת הטבע.